환경공학부는 이공계의 여러 분야가 합해진 일반대학원과정으로 운영되고 있다. 환경연구와 관련된 분야는 매우 다양하여 이를 모두 깊이 있게 이해하는 것은 불가능하므로, 환경공학부 교육과정의 기본적인 틀은 환경연구 전반에 관한 이해의 폭을 넓힘과 동시에 세부 연구분야에서 독립적인 연구개발 능력을 갖출 수 있도록 하는 이중적인 구조에 기초한다.

환경공학부에서 직접 개설하는 교과목은 주로 환경문제 전반에 관한 중요성과 관련 현상의 상호 연관성을 이해하고, 환경오염을 방지 또는 처리하는 핵심기술을 습득하며, 산업공정 등을 환경적인 측면에서 파악하고 개선할 수 있는 능력을 배양하는데 중점을 둔다.

한편, 첨단 환경기술의 연구개발에 필수적인 세부적인 교과목은 환경공학부에서 직접 개설하지 않고 타학과의 기존 과목을 최대한 이용하도록 함으로써,
각 학과의 세부지식을 환경적인 측면에서 재해석하여 최대 한도로 이용하는 구조를 택하였다.

환경공학부에서는 교과목 수강에 있어 다음 사항들을 권장 또는 요구하고 있다.
석·박사과정 동안 환경 핵심 교과목 중에서 3개 과목 이상을 이수토록 함으로써 최소한의 환경관련 기초지식을 함양토록 한다.